Fra november 1971 til juli 1996 blev undersøgelser af større ulykker gennemført af DSB's havarigruppe med reference til generaldirektøren.
Ved etablering af Jernbanetilsynet i 1996 - en uafhængig myndighed for alle danske jernbaner - blev ansvaret for undersøgelser af jernbaneulykker og hændelser placeret ved Jernbanetilsynet for at gøre undersøgelsesarbejdet uafhængigt af DSB.
I 2004 blev ansvar og beføjelser overført til Havarikommissionen for Civil Luftfart og Jernbane for at gøre undersøgelser uafhængige, både i forhold til jernbanevirksomheder og myndigheder samt i overensstemmelse med det europæiske jernbanesikkerhedsdirektiv.
Jernbaneenheden
Havarikommissionens jernbaneenhed består i dag af 3 personer; en faglig chef, en seniorundersøger og en undersøger.